AI와 분자동역학을 결합한 신약설계 플랫폼 CANDDIE(캔디)가 비만 등 대사질환 영역의 신규 약물 표적 연구에 투입된다. 서울바이오허브 입주기업 아토매트릭스(공동대표 이은호·이상배)가 한림제약과 연구 계약을 체결했다. 계약의 대상은 신규 약물 표적을 겨냥한 저분자 신약 후보물질 발굴이다. 한림제약의 의약품 연구개발 경험과 CANDDIE를 결합해 후보물질을 설계하고 선별하는 방식이다.
한림제약 관계자는 “이번 연구는 신규 약물 표적을 기반으로 비만 등 대사질환 치료 가능성을 탐색하고 경쟁력 있는 후보물질을 발굴하기 위한 것”이라고 밝혔다.
CANDDIE의 두 모듈, 결합 친화도와 신호전달을 함께 본다
CANDDIE는 아토매트릭스가 자체 개발한 AI·분자동역학 기반 신약설계 플랫폼이다. 이 플랫폼의 모듈 BARon은 단백질과 약물 사이의 결합 친화도를 예측하는 솔루션이다. 또 다른 모듈 Allopiper는 약물이 결합할 때 단백질 내부와 단백질 간 상호작용이 어떻게 달라지는지를 바탕으로 신호전달 특성을 예측한다. 두 모듈은 서로 보완하는 관계다.
이번 계약에서 아토매트릭스는 표적 단백질의 구조와 움직임, 화합물의 결합 특성을 예측할 예정이다. 이를 토대로 후속 실험에서 우선 검토할 후보물질도 제안한다.
이은호 아토매트릭스 공동대표는 “새로운 약물 표적을 대상으로 하는 연구에서는 후보물질의 결합 특성과 신호전달 특성을 함께 검토하는 것이 중요하다”고 말했다. 이 대표는 미국 식품의약국(FDA) 승인을 받은 뇌전증 치료제 세노바메이트(Cenobamate)의 공동 발명자다. 이상배 공동대표는 최고기술책임자(CTO)이자 박사로, CANDDIE의 핵심 개발자다.
제약사 R&D 프로젝트로 적용 범위 넓힌다
한림제약은 1989년 설립된 국내 중견 제약기업이다. 황반변성, 당뇨병성망막병증, 골다공증, 류마티스 관절염, 비만, 대사질환 등으로 신약 연구 영역을 넓혀 가고 있다. 아토매트릭스는 2024년 5월 설립된 국내 AI 신약개발 스타트업이다.
아토매트릭스는 이번 협력을 계기로 CANDDIE의 적용 범위를 신규 약물 표적을 다루는 제약사 R&D 프로젝트로 확대할 예정이다. 이은호 대표는 “한림제약의 연구개발 경험과 CANDDIE의 예측 기술을 바탕으로 후속 실험으로 이어질 수 있는 후보물질 발굴을 지원하겠다”고 밝혔다.
중장기적으로는 자동화 수준을 높여 SaaS 기반 CADD 플랫폼으로 사업을 확장하는 구상이다. 구체적인 후보물질 확보 여부와 후속 개발 일정은 공개되지 않았다.